自来也和大蛇丸作为重要的三忍成员，他们的生死状态对游戏机制和剧情走向产生了深远影响。从游戏设计的角度来看，这两位角色的不复活设定并非偶然，而是基于多重因素考量的结果。
自来也的死亡在剧情中具有特殊意义，他的牺牲是鸣人成长的关键转折点。游戏忠实还原了原著中自来也沉入深海的情节，这使得秽土转生所需的细胞样本难以获取。自来也的死亡在游戏叙事中承担着情感升华的作用，复活会削弱这种戏剧张力。游戏开发者选择保留这种设定，是为了维持角色在玩家心中的崇高地位。
大蛇丸的情况则更为复杂，他虽然未被真正复活，但通过特殊机制实现了某种意义上的存在。游戏保留了大蛇丸通过咒印和容器延续意识的设定，这既符合原著中他对永生的追求，又避免了直接复活带来的平衡性问题。大蛇丸的非完全复活状态为游戏提供了独特的角色定位，使其既能参与剧情又不会破坏战力体系。
从游戏平衡性考虑，完全复活自来也和大蛇丸这样的顶级忍者会严重影响对战环境。他们的技能组合和战斗数值都处于游戏顶端，直接加入可操作角色行列可能导致严重的平衡失调。开发者通过剧情限制的方式，巧妙地规避了这个问题，同时保留了他们作为NPC或剧情角色的特殊地位。
游戏叙事需要保持连贯性和逻辑自洽，随意复活重要角色会破坏这种严谨性。自来也的深海结局和大蛇丸的灵魂转生机制都在游戏中有明确交代，这些设定构成了游戏世界观的重要组成部分。开发者尊重原著设定，不在游戏内添加违复活情节，这种克制反而提升了游戏的故事质感。
游戏通过任务、回忆和特殊对话等方式让这些角色继续影响游戏世界，这种处理比简单复活更加细腻。玩家在推进主线时会自然理解为何这些角色不能被复活，这种理解本身就是游戏叙事成功的重要标志。
